底部預(yù)置二維碼凍存管在生物樣本?存儲(chǔ)中的應(yīng)用方法
2022-5-26 17:21:00隨著轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)和健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)快速成為醫(yī)學(xué)研究的熱點(diǎn)[1-3],越來(lái)越多的研究者認(rèn)識(shí)到人類遺傳資源與信息是醫(yī)學(xué)研究的寶貴資源,是精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的基石[4]。醫(yī)學(xué)研究對(duì)生物樣本的收集、保存和應(yīng)用需求日益增加,高質(zhì)量大規(guī)模生物樣本庫(kù)的建立對(duì)探索人類疾病新治療途徑和提高科研效率極具幫助[5-6]。生物樣本庫(kù)一般使用凍存管儲(chǔ)存生物樣本,每個(gè)凍存管必須有明確的信息化標(biāo)識(shí)。由于樣本待標(biāo)注信息很多,傳統(tǒng)的手寫(xiě)標(biāo)記已經(jīng)無(wú)法滿足樣本庫(kù)大批量樣本的需求,使用條形碼標(biāo)識(shí)成為必須。常用的條形碼有一維碼、二維碼和無(wú)線射頻識(shí)別。其中,二維碼有明顯優(yōu)勢(shì),且底部預(yù)置的方式是大勢(shì)所趨。目前關(guān)于底部預(yù)置二維碼凍存管在樣本存儲(chǔ)過(guò)程中的應(yīng)用方法在各項(xiàng)操作指南和最佳實(shí)踐中均沒(méi)有詳細(xì)的說(shuō)明,相關(guān)的文獻(xiàn)報(bào)道也很少[7-9]。本文就此應(yīng)用進(jìn)行介紹,以期為綜合型樣本庫(kù)的初期運(yùn)行提供參考。
1 凍存管的信息化標(biāo)識(shí)
鑒于二維碼的優(yōu)勢(shì),早期大多數(shù)樣本庫(kù)通過(guò)對(duì)不同類型的樣本設(shè)置相應(yīng)的編碼規(guī)則進(jìn)行樣本管理。如,郭愛(ài)華等[12]根據(jù)血液樣本編碼規(guī)則生成以下編碼SCMC2012KSCIN80245654LX2D3G1,表示上海兒童醫(yī)學(xué)中心 2012 年心內(nèi)科采集門診號(hào)為 80245654 患兒父親血漿第 3 管樣本。然后使用條碼打印機(jī)將編碼信息生成的標(biāo)簽貼到凍存管上。這種方法屬于后印方式,可適用于多種材質(zhì)儲(chǔ)存容器(如聚丙烯管、聚碳酸酯管、玻璃管等),而且成本低廉,但存在以下缺點(diǎn):編碼規(guī)則不一致且復(fù)雜冗長(zhǎng),需自行編碼、打印并粘貼,容易出現(xiàn)錯(cuò)誤;存儲(chǔ)過(guò)程中存在標(biāo)簽掉落的風(fēng)險(xiǎn),造成樣本信息缺失甚至混亂;對(duì)于需要低溫冷凍的樣本,標(biāo)簽還必須有良好的防凍性(如防液氮標(biāo)簽),這提高了使用成本。為了優(yōu)化這些問(wèn)題,底部預(yù)置二維碼凍存管(簡(jiǎn)稱二維碼預(yù)置管)應(yīng)運(yùn)而生。
底部預(yù)置二維碼是通過(guò)激光蝕刻在凍存管的底部,有以下優(yōu)勢(shì):統(tǒng)一編碼,每支凍存管都有唯一編號(hào);機(jī)械化嵌入底部,脫落可能性低;批量制作,成本低;可靈活適應(yīng)多種工作環(huán)境,量少時(shí)單支掃描人工操作,量多時(shí)整板掃碼匹配自動(dòng)化設(shè)備進(jìn)行批量分裝樣本,可以大幅度提高識(shí)別效率,縮短樣本出入庫(kù)時(shí)長(zhǎng)[13]。然而二維碼預(yù)置管存在以下問(wèn)題:預(yù)印碼沒(méi)有任何樣本相關(guān)信息,使用前需根據(jù)樣本處理的要求設(shè)置相應(yīng)規(guī)則以保證信息一一對(duì)應(yīng),核對(duì)無(wú)誤后才能入庫(kù);樣本出庫(kù)時(shí)無(wú)法直觀地進(jìn)行樣本識(shí)別和查找,需結(jié)合數(shù)據(jù)庫(kù)匹配;在深低溫環(huán)境或環(huán)境溫度變化時(shí),可能會(huì)引起底部條碼嚴(yán)重結(jié)霜,干擾識(shí)別準(zhǔn)確度和效率[8]。針對(duì)這些問(wèn)題,本文總結(jié)了二維碼預(yù)置管在血液、尿液及組織樣本的存儲(chǔ)過(guò)程中的應(yīng)用方法。
2 應(yīng)用舉例
2.1 血尿樣本的存儲(chǔ)
2.1.1 血尿樣本的采集及臨床信息對(duì)應(yīng) 樣本采集前需要制定研究方案確定保留成分、體積及數(shù)量,從而選擇采集容器的類型和規(guī)格[14]。常規(guī)采集的每例血液樣本為一支 2 ml 的 EDTA 抗凝全血,每例尿液樣本為一支 10 ml 的晨間中段尿。血液及尿液樣本采集后,在 4 h 內(nèi)完成交接、轉(zhuǎn)運(yùn)和處理,樣本分裝至二維碼預(yù)置管后盡快入庫(kù)。
處理血尿樣本前,首先對(duì)樣本進(jìn)行編號(hào)以便與臨床信息對(duì)應(yīng)[15]。樣本采集對(duì)象一般為獲知并簽署樣本捐贈(zèng)知情同意書(shū)的住院患者,其入院信息可以從醫(yī)院信息系統(tǒng)(hospital information system,HIS)導(dǎo)出。每天將有樣本的病區(qū)的入院信息導(dǎo)出,按入院時(shí)間降序排序后提取前一天信息合并至入院信息總表,查找住院號(hào)或姓名分別對(duì)血尿樣本自然編號(hào),將已編號(hào)的樣本信息提取至當(dāng)日信息表。在入院信息總表中,血尿樣本均采集后可刪除整行,其余編號(hào)全部改為√。未取樣的入院信息保留 2 個(gè)月,若有重復(fù)入院,保留最新一次。
2.1.2 血液樣本處理及其凍存管的編號(hào)、掃碼、使用和信息對(duì)應(yīng) 血樣離心條件:4 ℃,2500 × g,10 min。2 ml 血樣分層后分裝 3 管 250 μl 上層血漿和 3 管 120 μl 中間白膜層(先留取 500 μl 至中間管,充分混勻再分裝)。凍存管選用 0.5 ml 二維碼預(yù)置管,每盒 96 管。若血樣體積不足 2 ml,每種成分盡量保證第 1 管體積。不足 6 管的,仍按 6 管分裝,空管體積為 0 μl。批量成分分裝由自動(dòng)化液體工作站完成,其余血樣按同樣規(guī)則手動(dòng)處理。
當(dāng)日處理完血樣,在血樣存儲(chǔ)位置表錄入每一管樣本的臨床信息、處理過(guò)程及凍存管號(hào)。分裝后暫存于–80 ℃的血樣,每滿 6 盒掃碼入庫(kù)。掃碼前充分除霜以保證 96 孔都完成識(shí)別。為避免樣本凍融,此過(guò)程越快越好。目前效果較好的除霜方法如下:先用布擦除大部分表面的霜,再噴灑少量純酒精到凍存管底部可使二維碼完全顯示(經(jīng)過(guò)試驗(yàn),凍存管浸泡在純酒精 3 天后,底部二維碼仍可完全識(shí)別,沒(méi)有任何損害),若仍有少量冰渣,再用布擦拭除冰后即可掃碼。掃碼表命名為位置編號(hào)+ 盒子一維碼后5 位,如 1435(N01-04-03-05)-43272。將掃碼表和血樣存儲(chǔ)位置表中的凍存管號(hào)核對(duì),確保分裝正確。核對(duì)無(wú)誤后,將樣本按位置編號(hào)放入液氮罐并錄入每管樣本的位置信息和入庫(kù)信息。
2.1.3 尿液樣本處理及其凍存管的編號(hào)、掃碼、使用和信息對(duì)應(yīng) 尿樣離心條件:常溫,4000 r/min,10 min。10 ml 尿樣分層后手動(dòng)分裝 4 管 1.5 ml 尿上清和 3 管 1 ml 尿沉渣(棄多余上清,留 3 ml 含沉渣的液體,充分混勻再分裝)。凍存管選用 1.5 ml 二維碼預(yù)置管(IBIO-GENE IBG-V9151,管側(cè)有數(shù)字編碼)。若尿樣 < 9 ml,調(diào)整各成分?jǐn)?shù)量體積并記錄。若尿樣< 3 ml,為不合格樣本,需重新采集樣本。
每例尿樣分裝后,按順序放入已編號(hào)的 10 × 10 凍存盒,未裝滿時(shí)放入–80 ℃冰箱暫存,滿盒后根據(jù)位置編號(hào)入庫(kù)至–80 ℃超低溫水冷冰箱。每臺(tái)冰箱有三層,每層可放 4 個(gè)凍存架,每個(gè)凍存架有 6 行,每行可放 5 個(gè) 2 英寸的 10 × 10 凍存盒,每層共 120 盒。將 6 行從上到下依次編號(hào)為 A、B、C、D、E、F,每行從里到外編號(hào)為 1、2、3、4、5 列。如,R04-02-03-A2 表示 4 號(hào)冰箱第 2 層第3 架第 1 行第 2 列。為方便使用,在盒子一維碼右邊和盒蓋右下角按順序?qū)懽匀恍蛱?hào) 1-120,依次對(duì)應(yīng)每層的位置編號(hào)(寫(xiě)在盒子一維碼左邊和盒蓋上。
分裝尿液的凍存管,每盒裝滿 100 支,整盒編號(hào)后掃碼。打開(kāi)掃碼軟件 ScanDM 10 × 10,盒子一維碼側(cè)朝外,右上角對(duì)齊設(shè)備 Epson Perfection V600 Photo 掃描區(qū)右上角。掃碼后,顯示圖會(huì)閃爍一次并將成功掃描的凍存管圈出來(lái),確保全部掃描成功。掃碼表命名為 1-120,保存至每層相應(yīng)文件夾并將一維碼錄入統(tǒng)計(jì)表。當(dāng)日處理完尿樣,在尿樣存儲(chǔ)位置表中錄入每一管樣本的臨床信息、處理過(guò)程、凍存管號(hào)及存儲(chǔ)位置。
2.2 組織樣本的存儲(chǔ)
2.2.1 組織樣本的采集及臨床信息對(duì)應(yīng) 取樣員從 HIS 導(dǎo)出當(dāng)日需取樣本的手術(shù)信息,在手術(shù)室隨時(shí)注意手術(shù)進(jìn)展動(dòng)態(tài),記錄樣本熱缺血及冷缺血時(shí)間等。樣本交接后盡快4 ℃轉(zhuǎn)運(yùn)至病理科取材室。
2.2.2 組織樣本的處理及其凍存管的編號(hào)、掃碼、使用和信息對(duì)應(yīng) 取樣員對(duì)標(biāo)本拍照后由病理醫(yī)生按照正常組織(如有)、癌旁組織、癌組織依次取材。取樣員使用無(wú)菌器械切分標(biāo)本約 0.5 cm × 0.5 cm × 0.5 cm大小。切分后的新鮮組織一半放入 0.5 ml 二維碼預(yù)置管(IBIO-GENE IBG-V1052,管側(cè)有數(shù)字編碼),迅速轉(zhuǎn)入暫存液氮罐;另一半放入加了 1 ml 的 RNAlater 溶液的 1.5 ml 二維碼預(yù)置管(IBIO-GENE IBG-V1150,管側(cè)有數(shù)字編碼),4 ℃過(guò)夜充分浸潤(rùn)組織,盡可能地棄上清后入庫(kù)至液氮罐[16]。組織取材使用的二維碼預(yù)置管已提前整盒掃碼并在管蓋和管側(cè)對(duì)應(yīng)寫(xiě)上自然編號(hào),取樣時(shí)按順序取用,對(duì)應(yīng)登記樣本信息。若因樣本過(guò)小等問(wèn)題導(dǎo)致無(wú)法取到相應(yīng)樣本,則凍存管不會(huì)被使用,可用于留取下一例樣本。處理完組織樣本,在組織存儲(chǔ)位置表中錄入每一管樣本的基本信息、處理過(guò)程及凍存管號(hào)。
暫存罐中新鮮凍存的組織每周入庫(kù)一次,分配至 3 個(gè)氣相液氮罐。同一樣本的復(fù)份數(shù)除以 3,整數(shù)為每個(gè)罐子至少分配的量,余數(shù)根據(jù)實(shí)際空間均勻分配。(如,1 號(hào)樣本有 7 支,51 ~ 57 號(hào),則 51 ~ 53 入 N07,54 ~ 55 入 N08,56 ~ 57 入N09)。位置分配可提前算好列出來(lái),盡可能縮短分裝時(shí)間。組織數(shù)量較多時(shí),可先分裝到 3 個(gè)中轉(zhuǎn)低溫凍存盒,再轉(zhuǎn)移入液氮罐的相應(yīng)凍存盒,拍照后錄入樣本位置。當(dāng)組織樣本滿盒時(shí),不采取整盒掃碼核對(duì),而是將管蓋上的自然編號(hào)拍照后核對(duì)位置信息,以縮短樣本在室溫中暴露的時(shí)間,盡量避免樣本凍融。
2.3 二維碼預(yù)置管樣本的出庫(kù)流程
二維碼預(yù)置管樣本的出庫(kù)需要結(jié)合完善的入庫(kù)信息表。首先根據(jù)出庫(kù)申請(qǐng)查詢樣本存儲(chǔ)情況,將符合條件的樣本標(biāo)記為預(yù)出庫(kù)。申請(qǐng)得到批準(zhǔn)后,篩選必要信息生成預(yù)出庫(kù)單,其中位置信息包括:凍存盒及凍存管位置、凍存管二維碼、管號(hào)(自然編號(hào),適用于組織樣本)。將位置信息排序,方便快速取出凍存管。根據(jù)打印好的預(yù)出庫(kù)單依次快速取出樣本,按順序放入預(yù)冷凍的空凍存盒。為了盡可能減少樣本凍融的風(fēng)險(xiǎn),整個(gè)過(guò)程在冰板上完成,控制在 15 min 左右,否則分批出庫(kù)。將取出的樣本快速底部除霜掃碼后暫存至–80 ℃冰箱。將實(shí)際出庫(kù)掃碼與預(yù)出庫(kù)單上的二維碼信息通過(guò) if 函數(shù)快速核對(duì)。若有不一致,分析并找出原因,如原始信息表錄入有誤、出庫(kù)時(shí)拿錯(cuò)位置等。若核對(duì)有誤,決定不出庫(kù)時(shí),將樣本歸回原位并標(biāo)記清楚。樣本出庫(kù)的準(zhǔn)確度依賴于入庫(kù)信息的準(zhǔn)確度,因此入庫(kù)信息需定期核對(duì),盡可能地避免信息錄入錯(cuò)誤導(dǎo)致樣本無(wú)法識(shí)別。
3 小結(jié)
生物樣本庫(kù)中使用的凍存管容積較小,大多為 0.3 ~2 ml,標(biāo)簽可用空間有限。在凍存管底部設(shè)置二維碼充分體現(xiàn)了二維碼可以根據(jù)空間調(diào)節(jié)大小的優(yōu)勢(shì)。此外,底部預(yù)置結(jié)合整板掃碼可以提高識(shí)別效率,促進(jìn)樣本的快速出入庫(kù),也能匹配自動(dòng)化設(shè)備。因此,底部預(yù)置二維碼凍存管是目前在樣本庫(kù)中應(yīng)用最廣泛的存儲(chǔ)容器。然而預(yù)置二維碼與樣本信息沒(méi)有關(guān)聯(lián)且不能肉眼識(shí)別,如何提高使用效率及準(zhǔn)確率是實(shí)際應(yīng)用過(guò)程中需要不斷克服的難題。
二維碼預(yù)置管的使用核心在于樣本信息的整合。本研究中涉及的樣本主要來(lái)源于醫(yī)院的臨床樣本,包括血液、尿液及組織。首先通過(guò)醫(yī)院信息系統(tǒng)和實(shí)驗(yàn)室信息系統(tǒng)有效抓取正確的樣本來(lái)源信息及相關(guān)檢測(cè)結(jié)果,有助于后期的跟進(jìn)隨訪。其次,樣本自收集到出庫(kù)使用的整個(gè)生命周期的全流程管理非常重要。樣本的存儲(chǔ)最終以投入使用為目的,因此針對(duì)不同項(xiàng)目的樣本需要設(shè)計(jì)合理高效的預(yù)處理、分裝、入庫(kù)及出庫(kù)流程,每個(gè)過(guò)程都涉及到凍存管的信息識(shí)別。最后,有必要定期核檢已入庫(kù)的樣本的凍存管信息與存儲(chǔ)位置是否對(duì)應(yīng)。本研究總結(jié)發(fā)現(xiàn),預(yù)置二維碼的前提下,若規(guī)格允許(≥ 0.5 ml),批量生產(chǎn)時(shí)可以在管側(cè)增加數(shù)字編碼,增強(qiáng)實(shí)際操作中的肉眼識(shí)別度。尤其是信息核對(duì)有誤時(shí),自然編號(hào)的使用在組織樣本存儲(chǔ)過(guò)程中進(jìn)一步增強(qiáng)了凍存管肉眼識(shí)別度,從而提高了使用正確率,也為樣本的出庫(kù)提供了便捷,縮短出庫(kù)時(shí)間,減少樣本凍融風(fēng)險(xiǎn)。另外,開(kāi)發(fā)成熟的樣本庫(kù)管理系統(tǒng)來(lái)匹配自動(dòng)化處理及存儲(chǔ)設(shè)備,可進(jìn)一步體現(xiàn)二維碼預(yù)置管整板掃碼的優(yōu)勢(shì),同時(shí)也能很好地解決信息對(duì)應(yīng)的問(wèn)題。